Al alcanzar el 37,63 % de sus áreas marinas y el 31 % de sus áreas terrestres bajo alguna figura de protección y conservación. El principal reto ahora está en la administración efectiva de estas áreas, propósito que debe comenzar desde la alianza con comunidades, el sector privado y la sociedad en general, como punto de partida.

En cinco áreas protegidas se concentra cerca del 77% del total de deforestación en este periodo. Cabe resaltar que los PNN Tinigua (42.478 ha), Sierra de La Macarena (25.736 ha), Paramillo (10.505 ha), Serranía de Chiribiquete (9610 ha) y La Paya (8759 ha), como los más afectados por este flagelo. La meta a 2030 debe ser cero (0) deforestación en los Parques Nacionales Naturales de Colombia.

Especialmente los de la Región Amazonia y la Región Orinoquia, son la ganadería extensiva, la infraestructura vial no planificada y las economías ilícitas. El acaparamiento de tierras, por el camino de la apropiación, es quizá el principal conflicto socioambiental de las áreas protegidas de la región transicional entre Orinoquia y Amazonia.

De las cuales 9 ya son invasoras, afectando tanto ecosistemas terrestres, como marinos y costeros. Entre estas se encuentran 5 especies animales (incluyendo especies acuáticas y terrestres) y 4 de plantas que representan una amenaza significativa para la biodiversidad y requieren una gestión activa para evitar su expansión.

Sin embargo, estas áreas cuentan con escaza información sobre la biodiversidad y la relación con las actividades humanas. Por ejemplo, los arrecifes de coral no solo sufren el impacto del cambio climático asociado a los eventos de blanqueamiento, los cuales están aumentando en frecuencia e intensidad en los últimos años; sino que otros tensores como la presencia de enfermedades, la competencia con esponjas y macroalgas y la presencia de especies invasoras, han empezado a tener una mayor incidencia.

Los ecosistemas de pastos marinos y manglares en las áreas marinas protegidas de Colombia almacenan grandes cantidades de carbono. Se estima que los pastos marinos en los Parques Nacionales, los cuales albergan el 71 % de la cobertura nacional de este tipo de ecosistema, secuestran entre 2073 y 5069 teragramos de carbono por año. Los manglares, presentes en 12 Parques Nacionales, cubren el 23,8 % de la superficie nacional y almacenan hasta 1.000 MgC/ha, convirtiéndose en aliados esenciales para la mitigación del cambio climático.

Cuentan con acciones frente al cambio climático dentro de sus planes de manejo. Por esta razón, se hace un llamado a priorizar la gestión climática en aquellas áreas que aún no presentan avances en este sentido.